In Atlantis trifft ein Wurmloch ein und man empfängt ein Signal von Todd, dem Wraith. Er informiert sie, dass die Behandlung geklappt hat, aber schmerzvoll war. Sein Shuttle wurde zerstört durch einen Angriff seiner eigenen Leute. Woolsey will aber nur wissen, ob dabei ein ZPM erbeutet wurde. Die Gruppe ist skeptisch und glaubt, dass Todd Hilfe braucht, um seine Powerbasis wieder aufzubauen. McKay macht nochmals deutlich, wie gefährlich es ist, wenn die Wraith ein ZMP-angetriebenes Hive-Schiff haben würden.

Woolsey trifft sich mit Todd, der erklärt, dass er einige ZPMs gefunden hat und dass nicht alle in der Klonfabrik zerstört wurden. Einer seiner Leute hat eine Methode entwickelt um die Energie des ZPMs zu kontrollieren und dann Todd angegriffen. Er meint, wenn man zu lange warten würde, wäre dieses Hive-Schiff nicht mehr zu stoppen.

Die Daedalus setzt den Hyper-Antrieb ein und Sheppard trifft sich mit Todd. Er warnt ihn, dass er ihn töten würde, falls er betrüge. Auf der Brücke sagt Sheppard Caldwell, dass sie den Hyperraum früher verlassen sollen; Sheppard will mit seinem Team einen getarnten Jumper nehmen. Caldwell stimmt zu und der Jumper trifft bei den Koordinaten ein, die Todd genannt hatte. Sie entdecken ein Hive-Schiff mit hohen Energiewerten, welche benutzt werden, um die Dicke des Hive-Schiffes zu messen. Das Hive-Schiff lädt die Waffen und McKay merkt, dass sie sichtbar sind. Sheppard macht ein Ausweichmanöver und ruft die Daedalus. Das Hive-Schiff fliegt neben ihnen her und McKay versucht, die Systeme zu überschreiben, um die Kontrolle zurückzuerlangen. Die Daedalus kommt und blockt das Hive-Schiff und erwidert das Feuer. Sie beschädigen es aber kaum und entdecken einen massiven Energieaufbau. Das Hive-Schiff feuert auf die Daedalus und beschädigt sie schwer. McKay hat wieder die Kontrolle über den Jumper, aber sie können nur zusehen, wie das Hive-Schiff im Hyperraum verschwindet.

Caldwell wundert sich, warum das Hive-Schiff wegfliegt und McKay vermutet, dass die Energiereserven des Schiffs zu knapp waren. Die Daedalus ist manövrierunfähig, aber Marks berichtet, sie hätten ein Subraumsignal aufgefangen. McKay stellt fest, dass das Signal aus einer anderen Realität kommt und dass es die Koordinaten der Erde enthält. Sie ahnen, dass die Wraith nun auf dem Weg zur Erde sind und McKay schlägt vor, herauszufinden, wo das Hive-Schiff aus dem Hyperraum kommen wird, um den Rumpf zu reparieren. Sie schicken die Sun Tzu und die Apollo, um es abzufangen, bevor es zu mächtig wird.

Die Daedalus kehrt zur Erde zurück und Woolsey informiert sie, dass nur ein Hive-Schiff zur Erde unterwegs sei. Die schlechte Nachricht ist, dass die Apollo und die Sun Tzu schwer beschädigt sind und das Hive-Schiff ihrerseits nicht beschädigen konnten. Damit ist der Weg zur Erde für die Wraith frei.

McKay schlägt vor, Atlantis zur Erde zu bringen, aber dazu brauchen sie einen vollen Satz ZMPs. Sheppard hat bereits ähnliches im Sinn und verhandelt mit Todd. Er will von Todd die übrigen ZPMs haben und bietet ihm im Gegenzug Rache an seinen untreuen Gefolgsleuten. Todd stimmt zu und gibt ihm die Koordinaten. Major Lorne holt die ZPMs und sie überprüfen sie auf Fehler. Woolsey sagt Sheppard, dass er das Stargate zurück zur Erde bringen wird um die Waffenplattform der Antiker zu bemannen, falls Atlantis nicht rechtzeitig dort sein sollte.

Sheppard trifft im SGC ein und wird von Carter begrüßt. In Atlantis wird die Kalibrierung der ZMPs beendet und Beckett, der ja auch das Antikergen hat, übernimmt die Kontrolle über Atlantis. Atlantis hebt in den Weltraum ab und hält auf die Erde zu.

Carter hat das Kommando, weil Landry abwesend ist. Sie entdecken das Hive-Schiff im Orbit um den Mond. Sie stellen fest, dass es die Updates der ZPMs fertig stellt und Sheppard schlägt vor, ein paar F-302 mit Nuklearsprengköpfen zu bewaffnen. Carter zögert, aber Sheppard besteht auf einem Kampf mit den Wraith.

Auf Atlantis spricht Woolsey mit Teyla und Ronon und bietet ihnen eine letzte Gelegenheit, in der Pegasus-Galaxie zu bleiben. Sie wollen aber beide auf Atlantis bleiben.

Carter sagt Sheppard, es sei zu spät. Ein Dart wurde entdeckt. Die Wraith glauben, der Kontrollstuhl der Antiker sei in Area 51, weil er in der alternativen Realität dort war. In diesem Realität befindet er sich mittlerweile auch dort. Die Darts treten in die Atmosphäre der Erde ein und Sheppard führt zahlreiche F-302s gegen sie. Zwei Darts halten auf Area51 zu und Sheppard stellt sich dazwischen. Zwei weitere Darts kommen dazu und Sheppards Flügelmann wird abgeschossen. Sheppard wird getroffen und das SGC merkt, dass die Wraith in den Darts auf einer Kamikaze-Mission sind. Die Darts schlagen in Area51 ein und zerstören sie, während Sheppard es gerade noch hinkriegt, wieder die Kontrolle über sein Schiff zu bekommen. Die finale Verteidigung der Erde ist aber zerstört.

Sheppard ignoriert Befehle, zur Basis zurückzukehren und hält auf das Hive-Schiff zu. Er hat genug Sprit für einen Orbit und schaltet alle Systeme ab. Er will warten, bis das Hive-Schiff kommt, hineinfliegen und seinen Sprengkopf zünden.

Atlantis kommt am Ende der Milchstraße aus dem Hyperraum und McKay versucht herauszufinden, was falsch gelaufen ist. Woolsey will die Erde anwählen, um zu sagen, dass sie kommen.

Als das Hive-Schiff im Orbit der Erde eintrifft, entdeckt das SGC, dass die Wraith ihr eigenes Stargate haben und das Stargate der Erde anwählen, damit die Erde sich nicht rauswählen kann. Atlantis entdeckt dasselbe, und dann wählt das Stargate dort das Hive-Schiff an. Sie schicken ein paar Granaten durch, um die Wachen auszuschalten und dann bringt Ronon ein Team durch, um die Schlüsselsysteme zu sabotieren. Zelenka schlägt Woolsey vor, den von ihm entwickelten Wurmlochantrieb einzusetzen, um in Sekundenschnelle zur Erde zu kommen. Allerdings muss das genau berechnet werden, sonst verfehlen sie die Erde.

Sheppard aktiviert die Systeme der F-302 und hält auf das Hive-Schiff zu. Im Schiff geraten Ronon, Teyla, Mckay und Lorne unter Beschuss und sie suchen einen anderen Weg. Wraith greifen Ronon und McKay an und Ronon wird in die Lunge gestochen. Er sagt, sie sollen weitergehen, aber Teyla bleibt bei ihm. Ronon stellt die Atmung ein und sie sind gezwungen weiterzugehen. Draußen bahnt sich Sheppard einen Weg in die Dart-Bucht und kontaktiert das SGC, dass er die Waffen scharf macht. Dann schickt er noch eine Abschiedsnachricht an Carter.

McKay empfängt Sheppards Signal auch und weiß so von der Bombe. Sie kontaktieren ihn und sagen ihm, er solle stoppen. McKay will die Bombe lieber verzögert zünden, damit sie das Hive-Schiff verlassen können. Auf Atlantis informiert Woolsey Keller, dass sie den Wurmlochantrieb benutzen werden. Sie solle sich auf Verwundete aus der bevorstehenden Schlacht einstellen.

Sheppard findet die anderen und sie teilen ihm mit, dass Ronon getötet wurde. In der Zwischenzeit belebt ein Wraith Ronon wieder und verbindet ihm die Wunde; dann verlangt er Antworten. Ronon weigert sich zu sprechen und der Wraith foltert ihn. Sheppard und die anderen kommen dazu und erschießen den Wraith.

Das Hive-Schiff hat den Oberflächenscan abgeschlossen und bereitet die militärischen Zieleinstellungen vor. Sie gehen zum Stargate, brauchen aber 10 Minuten und Carter sagt, das Hive wäre schussbereit. Sheppard nimmt den Zünder, aber Carter sagt ihm, ein anderes Schiff sei auf dem Radar. Atlantis trifft ein und Beckett feuert die Drohnen aus kurzer Entfernung. Sheppard und die anderen laufen zum Stargate, während das Hive-Schiff auf Atlantis feuert. Die Schilde halten und McKay arbeitet an den DHD-Kontrollen, während Sheppards Team die Wraith abwehrt. Das Feuer hat Atlantis in einen niedrigen Orbit geschoben, was eine Auswirkung auf die Schilde hat. Beckett kann aber keine Energie von den Waffen abziehen.

McKay beendet die Kalibrierung und wählt die Alpha-Seite an. Die Atlantis-Schilde kollabieren, während Sheppard und die anderen durch das Stargate entkommen. Sheppard aktiviert den Detonator und kommt gerade noch durch das Wurmloch bevor die Bombe hochgeht und das Hive-Schiff explodiert.

Atlantis fliegt durch die Atmosphäre der Erde. Woolsey kontaktiert das SGC und informiert sie, dass sie alles überlebt haben. Carter kontaktiert Washington, um mitzuteilen, dass Atlantis heimgekehrt sei.

Später besucht Sheppard in der Krankenstation. Er verspricht ihm, dass er ihn in die Pegasus-Galaxie zurückbringt, aber der sagt, dass Atlantis sein Zuhause sei. Amelia Banks kommt dazu und holt ihn zu einem Spaziergang ab.

Amelia Banks führt Ronon raus auf den Balkon, wo alle stehen, um sich die Golden-Gate Brücke anzusehen. Atlantis ist getarnt und das gesamte Gebiet steht unter der Quarantäne der Marine. Sheppard und die anderen genießen die Aussicht.